幾個腸道微生物檢測方法的對比 | 全球疫情雷達
![幾個腸道微生物檢測方法的對比](https://i.imgur.com/7bk9Rso.jpg)
2018年5月31日—qpcr的優勢在於相比16S擴增子測序,可以檢測到種,但是劣勢在於一般只能檢測目標菌,檢測不全;而且如果不是晶元式的高通量的pcr的話,通量極低;另外, ...
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由安吉莉娜·茱莉助推的基因檢測仍在持續火熱,藍海逐步成為紅海。而早就有人把目光投向了腸道微生物群的檢測,最近一段時間ncs的接力發表足以說明它的火熱,檢測公司國外有ubiome等,國內也有多家公司進行這個檢測。下面,我們來管中窺豹,看看幾個檢測方法的比較,隻說我用搜索引擎找到的公司,無任何偏好性。
腸道微生物的檢測方法主要有16S擴增子測序、QPCR、晶元、巨集基因組和巨集轉錄組。
1.QPCR(熒光定量pcr)
QPCR技術自發明以來像一棵常青樹,醫院的核酸診斷產品仍以此為主。當然,也逐漸讓位於新一代測序技術。從張鋒等大牛的文章來看,未來能識別特定序列的基因編輯系統或許可以取代pcr技術,成為新的標準技術。
那麼單看腸道微生物的檢測方面,qpcr主要檢測內容是益生菌或者共生菌的檢測。比如,搜索到一個公司卡尤迪,有一個產品是採用此技術檢測腸道共生菌(雙歧桿菌、柔嫩梭菌、乳酸桿菌、擬桿菌、瘤胃球菌、大腸桿菌屬和鼠李糖乳桿菌7類常見益生菌)。
qpcr的優勢在於相比16S擴增子測序,可以檢測到種,但是劣勢在於一般只能檢測目標菌,檢測不全;而且如果不是晶元式的高通量的pcr的話,通量極低;另外,設計和測試引物周期長,耗時耗力。
2.16S擴增子測序
這個技術平衡了成本和檢測的效果,為絕大多數腸道微生物檢測公司採用,16s擴增子測序技術可以檢測到細菌屬的級別,可以評估腸道細菌的多樣性,全面地衡量腸道菌的相對含量,用軟體可以預測基因代謝網路等,是一個性價比較高的技術。這類檢測的報價從幾百到2000多不等,有的是檢測V3和V4區,有的隻檢測V4區。如搜索到一個谷禾科技的公司,提供¥388元的檢測服務,報告較全面,科研用戶¥150/樣。檢測方法是測16SV4區域,測序深度號稱10萬(應該是測10萬reads的意思),據說採用人工智慧技術來預測疾病易感等情況。
3.巨集基因組
巨集基因組技術可以檢測出所有的微生物,包括細菌、...
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